События фильма Agora разворачиваются в Египетской Александрии в V веке нашей эры. Египет находится под властью Римской империи. На улицах города неспокойно, все чаще повторяются религиозные бунты. Людей пленяет чувство свободы, которую они якобы приобретают через присоединение к набирающей силу христианской общине.
В центре событий фильма Агора прекрасная Гипатия, первая в истории женщина-ученый. Она в небывалом совершенстве для своей эпохи владеет философией, математикой, астрономией, вызывает уважение и преклонение у местных мудрецов, а её лекции стремятся посетить сотни и тысячи людей.
К речам Гипатии несомненно прислушиваются и правители. Женщина принимает активное участие в александрийской городской политике, её влиянию подвластен глава города, коим является префект Орест. Это вызывает недовольство епископа, и христианская община обвиняет Гипатию в возникшей в итоге смуте.
За ликом умной женщиной с казалось бы непоколебимой волей и сильным характером скрывается чуткая душа Гипатии. Эта женщина разбила не одно мужское сердце, однако сама она разрывается в своей любви между двух огней — бывшем рабом Даусом и благородным префектом Орестом. Последний готов без тени сомнения отдать за Гипатию свою жизнь, первый же терзается сомнениями, он не уверен, что готов отказаться от манящей свободы среды христианской пропаганды, и стать на сторону Гипатии.
Но для него нет времени на долгие раздумья, т.к. завистники за спиной у Гипатии скрипят зубами и проклинают славу и популярность этой женщины, порождая сплетни и интриги. В обществе нарастает раскаленная обстановка. Что ждет Гипатию, кто встанет в защиту этой женщины и удастся ли ей сохранить своё имя?...
